Met een vergistingsinstallatie neemt de geuremissie op die locatie over het algemeen af. Dit komt omdat vergiste mest (digestaat) minder sterk ruikt dan gewone mest. Als digestaat op het land uitgereden wordt, ruik je dit dus minder (lang). Daarnaast worden de geuremissies beperkt bij boeren die de mest niet direct op het land uit rijden maar het elders laten vergisten
De installatie zelf is luchtdicht uitgevoerd en is daarom geurloos. Alleen bij het lossen van biomassa en het voeden van de installatie kan geur vrijkomen.
Bij veel vergisters vindt na de vergistingsstap nog een scheiding plaats van de fosfaatrijke ‘dikke fractie’ en de stikstofrijke dunne fractie. Bij het scheiden van warm digestaat komt geur vrij. Dit kan, wanneer onvoldoende afgezogen, incidenteel geuroverlast geven. Bij grote installaties wordt daarom ook wel gebruik gemaakt van een loshal waarvan de lucht afgezogen en gewassen wordt. Hierdoor wordt de geuremissie van de installatie gereduceerd tot bijna nul. Bij installaties op boerderijschaal is de geuroverlast met name afhankelijk van de beheerder. Bij goed beheer is de geuroverlast minimaal (vergelijkbaar met een normale, goed beheerde boerderij).
Incidenteel kan enige geuroverlast optreden tijdens onderhoudswerkzaamheden, waarbij de vergister geopend wordt. Normaal gesproken is dit minder dan 1 maal per jaar.
