Bij elke boerderij is een kleine kans op verspreiding van ziektes. Aanwezigheid van een vergister vergroot die kans niet.
Bij buurtvergisters wordt behalve mest van het eigen bedrijf ook mest van andere bedrijven vergist. In de vergistingstank wordt de mest ongeveer 30 dagen op 40 of 50 ⁰C gehouden waardoor veel ziektekiemen sterven. Daarnaast wordt de mest bij veel co-vergisters gehygieniseerd waardoor pathogene bacteriën zoals Salmonella en E-coli afgedood worden. De kans op verspreiding van ziektes is dus lager dan bij de normale mesthandel waarbij ook mest van meerdere leveranciers verzameld wordt en afgezet bij meerdere klanten.
